Рутокен представляет собой малогабаритное устройство в виде брелка с USB-интерфейсом. Оно может быть использовано в приложениях, где ранее применялись пароли, смарт-карты и другие идентификаторы. Рутокен обладает всеми свойствами смарт-карт и обеспечивает надежность, простоту и безопасность процесса аутентификации, не требуя при этом применения специальных считывателей.
Важным отличием Рутокен от большинства представленных на отечественном рынке идентификаторов зарубежного производства является аппаратная реализация российского стандарта шифрования по ГОСТ 28147-89.